Apsorpcijski kapacitet označava mjeru u kojoj zemlja korisnica može u potpunosti, efektivno i efikasno iskoristiti financijska sredstva iz EU fondova koja su joj dodijeljena. Ograničenja apsorpcijskog kapaciteta u Republici Hrvatskoj su nedostatak znanja, nedostatak vještina, nedostatak upravljačkih vještina, institucionalna ograničenja te kulturna i socijalna ograničenja. Apsorpcijski kapacitet potreban je za postizanje maksimalnog doprinosa ekonomskoj i socijalnoj koheziji uz pomoć sredstava iz EU fondova. Hrvatska se prije ulaska u EU, kao zemlja kandidatkinja, suočila s izazovom osiguranja visoke apsorpcije financijskih sredstava iz EU pretpristupnih programa u visini od oko 1 milijarde eura. Apsorpcijski kapacitet počeo se razvijati s prvim programom pomoći koji je otvoren Hrvatskoj, ali se stvarni napredak ostvario nakon što je Hrvatska dobila status kandidatkinje za ulazak u EU u lipnju 2004. godine te odobrenjem PHARE programa u 2005. godini. Svrha pretpristupne pomoći Hrvatskoj i drugim zemljama bila je potpora prihvaćanju i implementaciji stečevina EU i jačanju administrativnih kapaciteta u pripremama za upravljanje većim svotama financijskih sredstava EU koje će postati dostupne ulaskom u EU. Iako se Hrvatska pokazala vrlo uspješnom pri povlačenju sredstava iz EU fondova u prethodnoj financijskoj perspektivi te se nalazila iznad europskog prosjeka s povučenih 84,5% raspoloživih sredstava, u aktualnom programskom razdoblju 2014.-2020. nalazi se ispod prosjeka EU prema do sada ugovorenim sredstvima. Do sada povučena sredstva u visini od 972 milijuna eura uložena su većinom u istraživanje i razvoj, promet te mala i srednja poduzeća. Razvojem alternativnih izvora financiranja povećala se dostupnost financijskih sredstava malim i srednjim poduzećima. Što efikasnije povlačenje sredstava u trenutnom programskom razdoblju vrlo je važno jer će utjecati na proračun koji će Hrvatskoj biti dostupan u razdoblju nakon 2020. godine.